Preocupado com a possibilidade do exército de Pope combinar forças com o Exército do Potomac, do major-general George B. McClellan e dominá-lo, Lee enviou o major-general Thomas J. "Stonewall" Jackson para o norte a fim de interceptar o avanço de Pope em direção a Gordonsville. As duas forças inicialmente entraram em confronto em Cedar Mountain, em 9 de agosto, uma vitória confederada. Lee considerou que o exército de McClellan, na península da Virgínia, não era mais uma ameaça para Richmond e enviou grande parte do restante do seu exército, sob o comando do general James Longstreet, para se juntar a Jackson. Jackson realizou uma manobra de grande alcance em torno do flanco direito de Pope, tomando um grande depósito de suprimentos na retaguarda de Pope, em Manassas Junction, posicionando sua força entre Pope e Washington, D.C. Movimentando-se para uma posição defensiva muito boa perto do campo de batalha da Primeira Batalha de Bull Run (Primeira Manassas) de 1861, Jackson repeliu com êxito os ataques da União em 29 de agosto até que os comandados de Lee e Longstreet chegassem ao campo de batalha. Em 30 de agosto, Pope atacou novamente, mas ficou surpreso ao ficar preso entre os ataques de Longstreet e Jackson, e foi forçado a se retirar com pesadas perdas. A campanha foi concluída com outra manobra pelos flancos realizada por Jackson, que culminou com a derrota de Pope na batalha de Chantilly, em 1 de setembro.

A manobra do Exército da Virgínia do Norte de Lee contra Pope é considerada uma obra-prima militar. O historiador John J. Hennessy escreveu que "Lee pode ter travado batalhas mais inteligentes, mas esta foi a sua maior campanha."