O livro se baseia em fatos reais.Se divide em três partes respectivamente:A história de inferninho; A história de Pardalzinho; A história de Zé Miúdo. Grande parte do material utilizado para escrevê-lo foi coletado durante os oito anos (entre 1986 e 1993) em que o autor trabalhou como assessor de pesquisas antropológicas para o projeto "Crime e criminalidade nas classes populares" do Rio de Janeiro,onde pôde coletar relatos e fatos do cotidiano do qual também fazia parte no período de plena produção da obra.

Cidade de Deus foi saudado como uma das maiores obras da literatura brasileira contemporânea. Um dos principais críticos do país, Roberto Schwarz observou a capacidade do autor de transpor para a literatura uma situação social deteriorada, aliando em sua narrativa a agilidade da ação cinematográfica e o lirismo da poesia. Segundo Schwarz, "o interesse explosivo do assunto, o tamanho da empresa, a sua dificuldade, o ponto de vista interno e diferente, tudo contribuiu para a aventura artística fora do comum".