Mais tarde, o seu filho D. Francisco de Sousa foi Governador-geral do Brasil (1592-1602); e a este foi prometido o título de Marquês das Minas quando foi novamente escolhido pelo rei Filipe II de Portugal para um governo além-mar em 1608. No entanto, D. Francisco de Sousa morreria logo em 1611, e nunca chegou a receber o título de marquês. Este foi apenas atribuído em 1670 ao seu neto homónimo, militar durante a Guerra da Restauração (1640-1668) e embaixador à Santa Sé em 1669, como recompensa pelos seus serviços.

Posteriormente D. Francisco de Sousa, o 1.º Marquês das Minas, herdou ainda o título de Conde do Prado atribuído em 1525 ao seu quarto avô. A partir de então os dois títulos reuniram-se na mesma Casa; e como se tornou costumário nos séculos XVII e XVIII, ao ser absorvido pelo marquesado, o título condal foi usado como um título de cortesia pelos herdeiros aparentes dos Marqueses das Minas em vida destes.