As raízes do conflito remontam à era colonial portuguesa e a guerra colonial e têm a sua origem na exigência de que província ultramarina de Cabinda deveria ser uma república independente. A FLEC inicialmente combateu entre os anos de 1963 a 1974-1975 contra o governo colonial português tendo em vista a independência. Segundo a FLEC, Cabinda nunca foi parte integrante da Angola Portuguesa e não possuía ligações administrativas, laços geográficos ou históricos com Angola. Supostamente, após o 25 de Abril de 1974, Cabinda terá sido anexada no âmbito das negociações do acordo de Alvor, que conduziria à independência de Angola, onde foram intervenientes os três principais agrupamentos políticos do país na época: o MPLA, a UNITA e a FNLA . Um dos signatários, posteriormente primeiro ministro português (a partir do Outono de 1975), José Baptista Pinheiro de Azevedo, disse que o documento era um pedaço de papel sem valor . Excluída das negociações, a FLEC, passou a dirigir a sua luta contra os angolanos. A partir dessa época, a posse do enclave de Cabinda tem sido reivindicada pelos independentistas que desencadearam uma actividade de guerrilha protagonizada por várias facções . Os recursos petrolíferos de Cabinda são enormes representando 60 por cento das reservas do petróleo de Angola, o que contribuíu para a persistência do conflito.

Desde então, um conflito latente manifesta-se no enclave, um dos mais antigos em África. Em 2006, foi assinado um acordo de paz, embora os signatários da FLEC não tivessem permissão comprovada para fazer tal acordo. O conflito irrompeu novamente na primavera de 2010, quando os guerrilheiros atacaram um maxibombo com os jogadores de futebol de Togo, o que levou os líderes de Cabinda no exílio a pedirem desculpa . Na sequência desse episódio, foram feitas várias detenções, contestadas por organizações da sociedade civil de Cabinda e internacionais de defesa dos direitos humanos, como a Human Rights Watch .