Apesar do Desporto Escolar ter estado quase sempre presentes nas escolas portuguesas desde as primeiras décadas do século XX, a sua estrutura foi consolidada nos anos 90. Para além dos benefícios relacionados com a prática do desporto, o D tem vindo a ser reconhecido como tendo uma influência positiva no percurso escolar dos alunos portugueses que o praticam.

Desde a sua consolidação, várias comparações entre o DE e o desporto federado têm sido feitas, algumas das quais relacionadas com as desigualdades verificadas no número de alunos envolvidos em cada uma das estruturas e o facto da participação de alunos em clubes federados os afastar do Desporto Escolar no qual imensos fundos públicos têm sido investidos.