Não tendo filhos legítimos, D. Afonso de Albuquerque, antes de partir para o seu mandato como Governador na Índia, providenciou a legitimação do seu único filho natural Brás de Albuquerque, a qual foi concedida pela Coroa em 1506. Já na Índia escreveu a pedir ao Rei D. Manuel I que todas as honras por si merecidas fossem concedidas ao seu filho Brás de Albuquerque, instituindo-o seu herdeiro universal. Perante a morte de D. Afonso de Albuquerque em 1515 o Rei cumulou de honras e riquezas Brás de Albuquerque, concedendo-lhe o Ducado de Goa e o título de Dom, determinando ainda que acrescentasse Afonso ao seu nome de Baptismo em homenagem ao antigo Vice-Rei.

A Casa de Goa veio a extinguir-se, por efeito da Lei Mental, com a morte sem descendência varonil do 2.º duque, D. Afonso Brás de Albuquerque.