O arroz é o principal cultivo e alimento básico. Entretanto, combates intermitentes entre as tropas do governo, apoiadas pelo Senegal e uma junta militar destruíram muito da infraestrutura e causaram grande prejuízo à economia em 1998. A guerra civil levou a uma redução de 28% do produto interno bruto naquele ano, com uma recuperação parcial no período 1999-2002. A produção agrícola caiu algo em torno de 17% durante o conflito, assim como a produção de castanhas de caju caíram até 30%. Piorando a situação, no ano 2000 o preço das castanhas caíram em 50% no mercado internacional, aumentando a devastação começada com a guerra civil.

Em dezembro de 2003 o Banco Mundial, o FMI e a UNDP foram forçados a intervir para fornecer auxílio orçamentário de emergência num total de US$ 107 milhões para o ano de 2004, o que representou mais de 80% do orçamento do país. A combinação de perspectivas econômicas limitadas, um governo central fraco e dirigido por uma facção e uma posição geográfica favorável tornaram este país da África Ocidental uma escala do tráfico de drogas para a Europa, especialmente em várias ilhas não habitadas do Arquipélago de Bijagós. Estima-se que passem pelo país US$ 1 bilhão em drogas por ano.