Filiado ao Partido da Reconstrução Nacional, foi presidente da Telecomunicações do Estado do Rio de Janeiro durante o Governo Collor. Enquanto filiado ao Partido Progressista Brasileiro, comandou a Companhia Estadual de Habitação no mandato do governador Anthony Garotinho. Candidatou-se pela primeira vez a um cargo eletivo em 1998, tendo ficado como suplente de deputado estadual e assumido uma vaga na Assembleia Legislativa do Estado em 2001. Elegeu-se deputado federal pela primeira vez em 2002, ainda no PPB, sendo reeleito pelo PMDB nas eleições de 2006, 2010 e 2014.

Durante seu mandato de presidente da Câmara dos Deputados, está sendo investigado pela Operação Lava Jato e foi denunciado pela Procuradoria-Geral da República ao Supremo Tribunal Federal. Acusado de mentir na CPI da Petrobras, teve contra si aberto processo em que se pede sua cassação por quebra de decoro parlamentar. Em 3 de março de 2016, o Supremo Tribunal Federal acolheu por 10 votos a 0, em unanimidade, a denúncia do Procurador-Geral da República Rodrigo Janot contra Eduardo Cunha por corrupção passiva e lavagem de dinheiro.