Sob a direção do Reichsführer-SS Heinrich Himmler e a supervisão do SS Obergruppenführer Reinhard Heydrich, os Einsatzgruppen operaram nos territórios ocupados pela Alemanha, na Europa Oriental. Sua principal tarefa, de acordo com o general SS Erich von dem Bach, no Julgamento de Nuremberg, foi combater as guerrilhas soviéticas em território ocupado. As missões dos Einsatzgruppen foram sucessivamente a eliminação em massa de membros da intelligentsia polonesa, bem como de pessoas deficientes, judeus e ciganos. Estiveram muito envolvidos na Shoah e no Porajmos. Depois, a partir da ruptura do pacto germano-soviético e da invasão da União Soviética, em 22 de junho de 1941, passaram a eliminar também prisioneiros de guerra e civis soviéticos, partisans (qualificados pela SS como sabotadores e terroristas), funcionários soviéticos, incluindo os comissários políticos e  comunistas em geral. Estima-se que, entre 1940 a 1943, os Einsatzgruppen tenham assassinado mais de um milhão de pessoas, incluindo, a partir de 22 de junho de 1941, prisioneiros de guerra soviéticos.

Formados principalmente por homens da Ordnungspolizei, Waffen-SS e voluntários locais, liderados por oficiais da Gestapo, Kripo e SD, esses esquadrões da morte seguiam a Wehrmacht à medida que esta avançava para leste, através da Europa Oriental, rumo à União Soviética. Nos territórios ocupados, os Einsatzgruppen também usavam a população local por razões de segurança e para aumentar seu número, quando necessário. As atividades dos Einsatzgruppen eram disseminadas por um vasto grupo de soldados da SS e do Reich.