Nascido no Condado de Kildare, na Irlanda, Shackleton e a sua família anglo-irlandesa mudaram-se para Sydenham, uma zona dos subúrbios de Londres, quando ele tinha dez anos de idade. A sua primeira experiência nas regiões polares foi como terceiro-oficial na Expedição Discovery liderada pelo capitão Robert Falcon Scott, em 1901–04, durante a qual foi enviado para casa mais cedo devido a problemas com escorbuto. Determinado a dar a volta a este insucesso pessoal, regressou à Antárctica em 1907 à frente da Expedição Nimrod. Em Janeiro de 1909, ele e mais três companheiros efectuaram uma marcha para sul que estabeleceria uma nova marca Farthest South - latitude 88° 23' S, a 180 km do Polo Sul. Por esta conquista, Shackleton recebeu o título de cavaleiro pelo rei Eduardo VII quando regressou a casa.

Depois da corrida ao Polo Sul ter terminado em Dezembro de 1911, com a conquista de Roald Amundsen, Shackleton virou a sua atenção para aquele que ele considerava ser o restante grande objectivo da exploração antárctica: atravessar o continente de mar a mar, passando pelo polo. Para prosseguir com este projecto, Shackleton preparou a Expedição Transantártica Imperial (1914–17). A expedição não correu bem, com o navio, Endurance a ficar preso no gelo e, posteriormente, a ser lentamente esmagado mesmo antes da tripulação conseguir desembarcar. Seguiu-se uma série de explorações, e um salvamento in-extremis sem, no entanto, perdas humanas, que daria o estatuto de herói a Shackleton, embora não tivesse sido imediatamente claro. Em 1921, regressou à Antárctida, na Expedição Shackleton–Rowett, com a intenção de levar a cabo um programa científico. Antes mesmo de a expedição ter começado os seus trabalhos de pesquisa, Shackleton morreria de ataque cardíaco enquanto o seu navio, Quest, estava ancorado na Geórgia do Sul. A pedido da sua esposa, foi enterrado ali.