Foi o primeiro clube a conquistar uma competição nacional, a
Taça Brasil de
1959, contra o
Santos, torneio criado para apontar o representante brasileiro na recém-criada
Taça Libertadores da América. Portanto, o clube também foi o primeiro representante brasileiro a participar de uma edição da Libertadores, em
1960. Em
1988, o tricolor baiano conquistou seu segundo
título brasileiro, desta vez derrotando o
Internacional. Com tais títulos, o Bahia é o
único clube fora do eixo Sul-Sudeste a deter dois títulos nacionais da principal divisão do futebol brasileiro. O clube ainda foi vice-campeão brasileiro duas vezes, em
1961 e
1963. Na sua participação na
Libertadores de 1989 o Bahia alcançou as quartas de final, feito que nenhum
outro clube do Norte-Nordeste alcançou até então. O clube também soma 2
Copas do Nordeste e 46
Campeonatos Baianos, sendo o segundo maior vencedor de torneios estaduais no Brasil, perdendo apenas para o
ABC de
Natal o qual soma 52 títulos. O Bahia por muito tempo conquistou a hegemonia do campeonato estadual, ao ponto de ter sido heptacampeão, de
1973 a
1979. Mas, apesar do currículo vitorioso, o Bahia amargou durante a
década de 2000 um dos piores períodos de história. Além de conquistar somente um título estadual (em
2001), foi rebaixado para a
Série B do Campeonato Brasileiro em
2003 e para
Série C em
2005. O clube retornou para a segunda divisão
nacional em
2008 e a
principal divisão em
2011.