O filme se passa dois anos após os eventos mostrados no jogo e se foca na aparição de um trio que sequestra crianças infectadas com uma estranha razão. Cloud Strife, o protagonista de Final Fantasy VII, está sofrendo da mesma doença e parte na procura das crianças. Ele descobre que o trio planeja ressuscitar o vilão Sephiroth usando os restos do extraterrestre Jenova, com Cloud e seus amigos do jogo original lutando para impedi-los.