Na adolescência, ele adquiriu um gosto por compositores de música de vanguarda baseada na percussão, como Edgard Varèse, e também pelo rhythm and blues dos anos 1950. Zappa começou a escrever música clássica no ensino médio, à mesma época em que tocava bateria em bandas de rhythm and blues - ele fez a troca para a guitarra posteriormente. Compositor e performista da sua própria música, com influências diversas, o seu trabalho é praticamente impossível de ser categorizado. O seu álbum de estreia com o Mothers of Invention, Freak Out!, combinava canções no formato convencional do rock and roll com improvisações coletivas e colagens de som realizadas em estúdio. Os seus últimos álbuns também continham essa abordagem eclética e experimental, independentemente de o formato fundamental ser rock, jazz ou clássica. Ele escreveu as letras de todas as suas canções, as quais - frequentemente humoristicamente - refletiam a sua visão iconoclástica dos processos sociais e políticos, estruturas e movimentos estabelecidos. Era um grande crítico do método de educação e da religiões, e um forte defensor da liberdade de expressão, da autodidática e da abolição da censura.

Zappa foi um artista altamente produtivo e prolífico e ganhou aclamação da crítica. Muitos de seus álbuns são considerados essenciais na história do rock e do jazz. Ele é considerado um dos guitarristas mais originais de seu tempo. Ele também continua sendo uma grande influência para músicos e compositores. Alcançou algum sucesso musical, particularmente na Europa, e pela maior parte de sua carreira trabalhou como artista independente. Postumamente, Zappa foi incluído no Rock and Roll Hall of Fame, em 1995, e ganhou um prêmio Grammy, em 1997.