O partido foi parte do corpo revolucionário que dirigiu a guerra pela independência. A FLN foi criada pelo Comitê Nacional de Unidade e Ação. Este comitê pretendia unir todas as facções de luta contra a França. Em 1956 quase todas as organizações nacionalistas na Argélia tinham se juntado à FLN. Nesse mesmo período a FLN se reorganizou em um governo provisório. Consistia de 5 homens fortes e um corpo legislativo.

A guerra para a independência continuou até março de 1962, quando finalmente o governo francês assinou um cessar-fogo com a FLN, como parte dos Acordos de Évian. Em julho do mesmo ano, a população argelina votou em um referendo que aprovava o cessar-fogo com a França e concordava com a cooperação econômica e social entre os dois países.