Na Campanha da Península, em 1862, McClellan não teve sucesso, se retirando enquanto o general sulista Robert E. Lee e seu exército marchavam. O plano dele era avançar até Richmond, a capital da Confederação, mas foi frustrado pela movimentação agressiva de Lee. Ele sofreu outro revés na Batalha de Antietam onde, apesar de ter detido o avanço sulista contra Maryland, sofreu pesadas baixas no processo e permitiu que o general Lee escapasse junto com suas forças. Assim, o presidente Abraham Lincoln começou a questionar a liderança de McClellan e decidiu removê-lo do seu comando. Lincoln avaliou assim o general McClellan: "se ele não pode lutar, ele é muito bom em preparar os outros para a luta". De fato, George McClellan era muito popular entre os soldados comuns, que sentiam que o general cuidava bem deles.

Com o tempo McClellan continuou a perder a confiança de Lincoln e a relação dos dois ficou incrivelmente complicada. Após ter perdido seu comando do Exército do Potomac, McClellan decidiu se candidatar pelo Partido Democrata para tentar tirar Lincoln do poder nas eleições de 1864. Ele sofreu dentro do seu próprio partido pois, ao contrário dos outros democratas, George não apoiava a paz com o sul e defendia a solução militar para o conflito. No final, ele conseguiu 45% dos votos, contra 55% do presidente Lincoln. Em 1878 ele foi eleito o 24º governador de Nova Jérsei, cargo que manteve até 1881. Ele eventualmente se tornou um escritor, defendendo seus sucessos e fracassos em batalha durante a guerra civil. Morreu em 1885, aos 58 anos, de um ataque cardíaco.