O conflito se insere no contexto de uma rebelião tuaregue separatista no norte do país (comandada pelo Movimento Nacional de Libertação do Azauade), amparada em alguma medida por apoio armado de ex-combatentes líbios. O golpe do CNRDE enfraqueceu a posição do governo e favoreceu o avanço das forças separatistas, revoltadas desde fevereiro. As cidades de Gao, Timbuktu e Kidal foram rapidamente tomadas pelos separatistas após a confusão institucional que se seguiu ao golpe de estado. Ao mesmo tempo, o Ansar Dine, um grupo extremista islâmico acusado de vínculos com a Al-Qaeda e liderado por um ex-combatente separatista tuaregue Iyad Ag Ghaly, aproveita-se do vazio de poder criado pela guerra civil apoderando-se de cidades liberadas para estabelecer a sharia (lei islâmica) no Mali. No começo do conflito, o Ansar Dine e o Movimento Nacional de Liberação do Azawad (MNLA) lutaram juntos pela separação. No entanto, houve uma cisão entre esses grupos após a tomada a Timbuktu, com o Ansar Dine abdicando da proposta separatista em favor da sharia e o MNLA reivindicando um estado independente secular. Nos últimos dias, o conflito tem se tornado cada vez mais complexo, com quatro frentes de luta: governo civil constitucional (apoiado pela Comunidade Econômica dos Estados Africanos Ocidentais, que ameaçou interferir militarmente na região, e pela ONU), militares golpistas (apoiados, sobretudo, por militares de baixa patente insatisfeitos com o governo), separatistas tuaregues (MNLA) e tuaregues islâmicos (Ansar Dine). Mais dois grupos extremistas islâmicos atuam na região, dissidências do Ansar Dine e, por conseguinte, da Al Qaida no Magreb Islâmico (AQMI): o Movimento para a União e a Jihad na África Ocidental (MUJAO), envolvido no tráfico de drogas e alegadamente responsável pelo sequestro de diplomatas argelinos no começo de abril, e o Boko Haram (traduzido por "a educação ocidental é pecaminosa"), grupo terrorista.

No dia 7 de abril, rebeldes tuaregues declararam a independência do Azawad, região de instabilidade no norte do país. A declaração foi repudiada pela União Europeia e pela CEDEAO. No dia 8 de abril, após a reunúncia do presidente Touré, negociada pela CEDEAO e os golpistas, o poder foi entregue à Assembleia Nacional do Mali.