Durante a Guerra Fria o projeto foi expandido para abrigar nove reatores nucleares e cinco grandes complexos de processamento de plutônio, o qual fora utilizado em cerca de sessenta mil armas do arsenal nuclear norte-americano. A tecnologia nuclear desenvolveu-se rapidamente durante esse período e os cientistas de Hanford lograram marcos notáveis nesse segmento. Todavia, muitos dos métodos de segurança e descarte de lixo revelaram-se inadequados. Documentos do Governo confirmaram que as operações de Hanford liberaram quantidades significativas de materiais radioativos no ar e no rio Columbia, ameaçando a saúde dos residentes e o ecossistema.

Os reatores de fins militares foram desativados no final da Guerra Fria, mas seu período de atividade deixou 204.000 m³ de lixo radioativo de alto nível - dois terços do total armazenado no país - que remanesce no sítio. Atualmente, Hanford é o sítio nuclear mais contaminado dos Estados Unidos e o foco da maior campanha nacional de limpeza ambiental. Enquanto a maior parte de sua atividade está relacionada ao projeto de limpeza, ele também abriga uma usina nuclear comercial - Columbia Generating Station - e vários centros de pesquisa e desenvolvimento científico tais como o Pacific Northwest National Laboratory e o LIGO Hanford Observatory.