Em 1536, chegou, na região, o primeiro donatário português, Francisco Pereira Coutinho, que recebeu capitania hereditária de El-Rei dom João III. Fundou o Arraial do Pereira, nas imediações onde hoje está a Ladeira da Barra. Esse arraial, doze anos depois, na época da fundação da cidade, foi chamado de Vila Velha. Os índios não gostavam de Pereira Coutinho por causa de sua crueldade e arrogância no trato. Por isso, aconteceram diversas revoltas indígenas enquanto ele esteve na vila. Uma delas obrigou-o a refugiar-se em Porto Seguro, com Diogo Álvares; na volta, já na Baía de Todos os Santos, enfrentando forte tormenta, o barco, à deriva, chegou à praia de Itaparica. Nessa, os índios fizeram-no prisioneiro, mas deram liberdade a Caramuru. Francisco Pereira Coutinho foi retalhado e servido numa festa antropofágica.

Em 29 de março de 1549, uma frota de colonos portugueses chegou, pela Ponta do Padrão, chefiada por Tomé de Sousa e comitiva, em seis embarcações: três naus, duas caravelas e um bergantim, com ordens do rei de Portugal de fundar uma cidade-fortaleza chamada "do São Salvador". Nasceu, assim, a cidade de Salvador, já cidade, já capital, sem nunca ter sido província, e foi por muitos anos a maior cidade das Américas e rapidamente se tornou o principal e importante centro da indústria de açúcar e do comércio de escravos. Salvador se tornou o principal ponto de entrada para muitos colonos holandeses e judeus. Foi durante os séculos XVII e XIX que a maioria dos judeus migraram para a Bahia, espalhando sua cultura ao longo de suas colônias e além (a primeira sinagoga na América, a Sinagoga Kahal Zur Israel, foi erguida nas proximidades de Recife em 1636).