Actualmente, esta Igreja oriental é governada por um Exarca Apostólico, mas sempre sob a supervisão do Papa. Em 2005, esta Igreja contava com cerca de 11,4 mil fiéis, concentrados na sua esmagadora maioria na República da Macedónia . O seu rito litúrgico é de tradição bizantina e utiliza a língua macedónica como língua litúrgica.
A simples existência da Igreja Greco-Católica Macedónica não significa que a República da Macedónia não tenha católicos de rito latino.