O povoamento de Itajá iniciou-se em 1947, com a formação da fazenda Coqueiros, às margens do Ribeirão São João, por Sebastião Alexandre de Freitas, vindo de Campina Verde - Minas Gerais. As primeiras construções, na beira da estrada Aporé/Itarumã/Lagoa Santa, constituiram-se de um armazém e uma farmácia, do pioneiro. Esse ponto comercial, aliado à facilidade de aquisição de terras férteis, atraiu para a região numerosas famílias que ali construiram casebres de pau-a-pique, cobertos de palha, formando o arruamento e traçado do povoado que se denominou "São João", em decorrência do ribeirão local. Pelo progresso alcançado, em 7 de agosto de 1953, pela Lei nº 172, o povoado passou a distrito, pertencente a Jataí. Pela Lei Estadual nº 2091, de 14 de novembro de 1958, o Distrito de São João foi elevado à categoria de município, dando-se a instalação em 1º de janeiro de 1959, com o topônimo "Itajá", que representa uma inversão de "Jataí", em homenagem à cidade-mãe da qual se emancipou.