O município foi emancipado de Luís Gomes na década de 1950. O nome do município é uma referência ao capitão José da Penha Alves de Souza e foi escolhido pela população na época da emancipação. Atualmente, o município é formado pelos distritos de José da Penha (sede) e Major Felipe. Atualmente seu Índice de Desenvolvimento Humano (IDH) é de 0,608, considerando como médio pelo Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento.