Habyarimana foi descrito pelos críticos como um ditador, que citam o fato de ser reeleito por unanimidade, com 98,99 os votos em 24 de dezembro de 1978, 99,97 os votos em 19 de dezembro de 1983, e 99,98 os votos em 19 de dezembro de 1988. Durante o seu governo, Ruanda tornou-se um Estado totalitário em que os dirigentes do partido Movimento Republicano Nacional por Democracia e Desenvolvimento exigiam que as pessoas cantassem e dançassem em bajulação ao presidente em concursos de massas de "animação" política. Embora no país, em geral, a pobreza cresceu um pouco menos durante o mandato de Habyarimana, a grande maioria dos ruandeses permaneceu em situação de extrema pobreza.

Em 6 de abril de 1994, ele foi morto quando seu avião, transportando também o presidente do Burundi, Cyprien Ntaryamira, foi derrubado perto do Aeroporto Internacional de Kigali. Seu assassinato inflamou as tensões étnicas na região e ajudou a desencadear o genocídio de Ruanda.