O destino indeterminado da legião tem sido tema de considerável debate e de inúmeras especulações. Uma teoria, defendida por Theodor Mommsen, afirma que ela foi aniquilada em combate no norte da Britânia logo depois de 108, data da inscrição mais tardia datável da nona na Britânia, provavelmente numa revolta das tribos nortenhas. Esta visão foi popularizada pela novela "The Eagle of the Ninth" (1954), que afirma que ela teria marchado até a Caledônia (moderna Escócia) e "jamais se ouviu sobre ela novamente".

Esta teoria foi sendo desacreditada entre os acadêmicos conforme sucessivas inscrições da IX Hispana foram sendo encontradas nas ruínas de uma base legionária em Noviômago dos Batavos (Noviomagus Batavorum; moderna Nimegue, nos Países Baixos), o que sugere que ela possa ter sido levada para lá depois de 120, uma data posterior à sua suposta aniquilação na Britânia. As evidências encontradas em Nimegue deram origem a sugestões de que a IX Hispana teria sido destruída em conflitos posteriores no . Entre as sugestões estão a Revolta de Bar Kokhba (132-5) ou a Guerra romano-parta de 161-166 de Marco Aurélio.