Exceto para a Liga mexicana, as equipes nas ligas organizadas menores são geralmente independentemente controladas e operadas, mas estão diretamente afiliadas com uma equipe da liga principal através de um padronizado Player Development Contract (PDC). Essas ligas também ganham apelidos de "clube escola", ou "clube fazenda" por causa de uma piada feita ​​por jogadores da liga principal na década de 1930, quando o gerente-geral dos St. Louis Cardinals, Branch Rickey, formalizou o sistema, e as equipes em pequenas cidades foram "colhendo jogadores nas fazendas como o milho".

As equipes da Liga principal e das menores podem entrar em um PDC por um periodo de dois ou quatro anos e podem se reafiliar na expiração de um período PDC, embora muitos relacionamentos são renovados e perduram por longos prazos. Por exemplo, o Omaha Storm Chasers (anteriormente o Omaha Royals) foi afiliado Triplo-A do Kansas City Royals desde quando os Royals se associaram à Liga americana em 1969, mas o Columbus Clippers mudaram as afiliações do New York Yankees para o Washington Nationals em 2007 e agora estão afiliados com o Cleveland Indians. Algumas equipes das ligas menores pertencem diretamente ao clube pai da liga principal, como o Springfield Cardinals, pertencente ao St. Louis Cardinals, e todos os afiliados dos Atlanta Braves, exceto o Lynchburg Hillcats. As equipes das ligas menores, que pertencem diretamente ao clube da liga principal não têm PDCs uns com os outros e não fazem parte das reafiliações mistas que ocorrem a cada dois anos.