Com mais de três mil espécies de vida marinha na área, a pesca é uma importante atividade económica do mar de Java. A área em torno do mar de Java é uma destinação turística muito popular. O mergulho oferece a possibilidade de explorar e fotografar cavernas submarinas, coral, esponjas e outros tipos de vida marinha. Entre os vários parques nacionais na região, podem-se destacar o de Ujong Kulon, perto de Jacarta, o de Karimun Java, um parque nacional composto de 22 ilhas, e a ilha de Menjagan, perto de Bali.