Metabolitos secundários são compostos orgânicos que não estão directamente envolvidos nos processos de crescimento, desenvolvimento e reprodução dos organismos. Ao contrário dos metabolitos primários, a ausência dos metabolitos secundários não resulta na morte imediata, outrossim, a longo prazo afecta a sobrevivência, fecundidade ou estética do organismo, podendo mesmo não ter qualquer impacto significativo. Os metabolitos secundários são frequentemente restritos a um grupo reduzido de espécies dum grupo filogenético. Os metabolitos secundários têm frequentemente um papel importante nas defesas vegetais contra a herbivoria e outras defesas inter-espécies.