Miniopterus mahafaliensis é uma espécie de morcego da família Miniopteridae. Endêmica de Madagascar. As populações desta espécie foram historicamente incluídas em Miniopterus manavi, mas estudos moleculares publicados em 2008 e 2009 indicaram que esta suposta espécie consistia em cinco espécies distintas, incluindo M. mahafaliensis. A espécie têm sido encontrada em florestas de galeria, decíduas e espinhosas, assim como também em habitats mais abertos, no sudoeste da ilha.