1. Formular e conduzir a política de desenvolvimento nacional integrada
2. Formular planos e programas regionais de desenvolvimento
3. Estabelecer estratégias de integração das economias regionais
4. Estabelecer diretrizes e prioridades na aplicação dos recursos dos programas de financiamento, de que trata a Constituição Federal
5. Estabelecer diretrizes e prioridades na aplicação dos recursos do Fundo de Desenvolvimento da Amazônia e do Fundo de Desenvolvimento do Nordeste
6. Estabelecer de normas para cumprimento dos programas de financiamento dos fundos constitucionais e das programações orçamentárias dos fundos de investimentos regionais
7. Acompanhar e avaliar os programas integrados de desenvolvimento nacional
8. Defesa civil
9. Obras contra as secas e de infraestrutura hídrica
10. Formular e conduzir a política nacional de irrigação
11. Ordenação territorial
12. Obras públicas em faixas de fronteiras

Tem por diretriz maior de sua atuação a Política Nacional de Desenvolvimento Regional (PNDR), instrumento que orienta os programas e ações do Ministério. Nesse sentido a PNDR orienta a formulação e implementação de grandes projetos estruturantes macrorregionais, que resultam, na prática, em resultados positivos para a construção de relações federativas entre os três entes de Governo - Federal, Estadual e Municipal - e de participação social ampla dos atores sub-regionais.