O MLNB tem sofrido desde finais da década de 1990 uma persecução judicial que tem levado à prisão muitos dos seus dirigentes e tem ilegalizado muitas organizações, mas não todas, baseando-se nas ligações - não todas demonstradas - entre estas organizações e a ETA, ou então em pretensas práticas de exaltação ou apologia do terrorismo e na negativa destas organizações a condenarem as ações armadas da ETA, consideradas amplamente como ações terroristas. A maior parte destas organizações vinculadas com o MLNB confluíram desde 1978 na coligação Herri Batasuna (HB).