"Naturalismo intuitivamente pode ser separado em uma componente metafísica e outra metodológica". Metafísica, aqui, refere-se ao estudo filosófico da natureza da realidade. O filósofo Paul Kurtz argumenta que a natureza é melhor explicada por referência aos princípios materiais. Esses princípios incluem massa, energia e outras propriedades físicas e químicas aceitas pela comunidade científica. Nesses termos, a acepção corrente de "naturalismo" implica a afirmação não cética de que divindades, espíritos e fantasmas não são reais, e que não existe um "propósito" na natureza. Tal crença absoluta no naturalismo é comumente referida como o naturalismo metafísico, ou de forma equivalente, naturalismo ontológico 

Por outro lado, considerando-se o naturalismo encontrado nos métodos de trabalho - sem necessariamente considerar o naturalismo como uma verdade absoluta com meras vinculações filosóficas, esse é então chamado de naturalismo metodológico. O assunto aqui é uma filosofia de aquisição de conhecimento; e a afirmação anterior sutenta-se atualmente, contudo de forma cética.