Por décadas dominou o setor de aviação no Brasil. Como as demais empresas aéreas que possuíam sócios estrangeiros nos anos 1950 e 1960, ela sofreu pressões do governo, iniciadas na gestão do Presidente João Goulart, para que suas ações ficassem totalmente em mãos brasileiras. Tudo levava a crer, nos bastidores do poder, que a Varig naturalmente se envolveria na aquisição de parte da Panair, porém, ela acabou nas mãos dos grandes empresários Celso da Rocha Miranda e Mário Wallace Simonsen, dono da Rede Excelsior. Tal desfecho incomodou o governo e a própria VARIG, que dava como certa mais uma aquisição de outra empresa aérea nacional.

Entretanto, em seu apogeu acabou por ter suas operações aéreas abruptamente encerradas em 10 de fevereiro de 1965, devido a um decreto do governo militar, que suspendeu suas linhas. A opção pela suspensão, ao invés da cassação, foi um mero artifício técnico encontrado pelo governo militar. Assim as operações poderiam ser, na prática, paralisadas de imediato, sem o decurso dos prazos legais de uma cassação. Até hoje suas linhas encontram-se tecnicamente suspensas.