Eugénio III teve de enfrentar a difícil situação política em Itália, provocada por Arnaldo de Bréscia – o grande opositor do poder temporal dos papas - que exigia a eleição de um papa que favorecesse as suas ambições políticas, fazendo pressão junto do Colégio Cardinalício. O abade Bernardo não era cardeal e foi eleito pelo Colégio Cardinalício, justamente para contrarrestar as exigências políticas de Arnaldo.

Contudo, horas após a sua eleição, partiu de Roma para ser coroado no seu mosteiro de Farfa, em Viterbo, onde os seus cardeais também foram residir. Mas a população romana desejava a volta do Pontífice, que pouco depois, retornou a Roma.