A área do Parque inclui um amplo leque de paisagens terrestres e marinhas, incluindo extensos recifes de coral, além da maior área sobrevivente de terras alagadas tropicais e de floresta tropical de monção na
ilha de Timor. As áreas terrestre e marinha incluem um grande variedade de
habitats, destacando-se pela
biodiversidade da sua fauna e flora. No seu interior estão localizadas três importantes áreas de habitat e conservação de população de
aves designadas como
IBA - Important Bird Area pelo programa desenvolvido pela
BirdLife International. Essas áreas são:
- TL06 – Loré;
- TL07 – Monte Paitchau e Lago Iralalara;
- TL08 – Ilha de Jaco.
No interior do parque vivem 25
espécies de aves endémicas em Timor e nas ilhas vizinhas, entre as quais a cacatua-sufúrea (
Cacatua sulphurea), uma
catatua de crista amarela considerada "criticamente em perigo" pela captura para comércio internacional, e as espécies
endémicas pombo-verde-de-timor (
Treron psittaceus), pombo-imperial-de-timor (
Ducula cineracea) e pardal-de-timor (
Padda fuscata), esta última considerada vulnerável pela
IUCN devido à perda de floresta de
monção na ilha de Timor.
A
ilha de Jaco é um território considerado sagrado pelos povos locais e importante habitat de aves. A parte marinha do parque está incluída no Triângulo de Coral, região biogeográfica que contém enorme diversidade de
corais e peixes dos recifes de coral.