Em 1966, o inicial Partido Baath foi dividido ao meio; metade foi chefiada pela liderança do partido em Damasco, que  estabeleceu o partido na Síria, e a outra metade com a sua liderança em Bagdá. Ambos os partidos mantiveram o mesmo nome e estruturas paralelas no mundo árabe, mas se tornaram tão antagônicos que a Síria - chefiada pelo seu partido Baath - se tornou o único Estado árabe a apoiar o Irã contra o Iraque durante a sangrenta Guerra Irã-Iraque. Os baathistas tomaram o poder no Iraque pela primeira vez em 1963, mas foram depostos vários meses depois. Organização regional do partido governou o país entre 1968 e 2003, por muitos anos sob a liderança de Saddam Hussein, sendo apoiado na ascensão pelos estadunidenses. O Partido Baath foi proibido em 2003 pela Autoridade Provisória da Coalizão após a invasão do Iraque. Hoje muitos ex-membros do partido fazem parte da insurgência iraquiana. Alguns autores atribuem a queda do partido a causa dos distúrbios no Oriente Médio no século 21.