Foi fundado em maio de 1966, em Recife a partir de uma ruptura do PCdoB. Reivindicando a trajetória política de Josef Stálin no comando da União Soviética, o PCR surge discordando tanto da linha maoísta do PCdoB (criado em 1962), quanto da linha khrushevista do PCB (criado em 1922), partidos por ele considerados "revisionistas". Ao longo da Ditadura militar no Brasil (1964-1985), a maior parte dos militantes do PCR foi perseguida e morta. Os seus sobreviventes, então, entram no MR-8, um outro partido comunista que permaneceu 30 anos dentro do PMDB. É a partir de 1995, quando esses militantes rompem com o MR-8 e com PMDB, que o PCR volta a se reorganizar, lançando seus candidatos eleitorais pelo PDT.

Atualmente, o PCR faz (junto com PSOL, PSTU e PCB) oposição de esquerda aos governos de Lula e Dilma (PT/PMDB/PCdoB). No movimento estudantil, o PCR organiza-se através da colateral União da Juventude Rebelião (UJR). Este coletivo impulsiona o movimento Rebele-se na UNE que compõe a Oposição de Esquerda da União Nacional dos Estudantes, junto com coletivos referenciados no PSOL. No movimento sindical, o PCR atua na corrente Movimento Luta de Classes (MLC), que, ao contrário dos seus parceiros da oposição de esquerda, deliberou por retornar à Central Única dos Trabalhadores (CUT), hegemonizada pelo PT.