Entre as causas da guerra estava a administração ditatorial anticomunista de Mobuto, contrária a democracia e aos movimentos sociais que provocou as grandes massas rebeldes, assim como o seu apoio ao genocídio dos tutsis. O genocídio em Ruanda ocorreu em 1994, quando os hutus massacraramm 800 mil tutsis. A desestabilização no Leste do Zaire que resultou do genocídio de Ruanda foi o último fator que levou numerosos atores internos e externos a alinhar contra o governo corrupto e inepto em Kinshasa. Enquanto o ditador congolês Mobutu deu apoio ao hutus, e mais tarde, quando os tutsis chegaram ao poder em Ruanda, Mobutu acolheu os perpetradores do genocídio que fugiram; um total de cerca de dois milhões de tutsis estavam planejando vingança. Em seguida, as tropas do presidente de Ruanda, Paul Kagame, entraram no Congo, derrubaram Mobutu e colocaram no poder Laurent Kabila e se dedicaram à aniquilação de seus assassinos.

Depois da guerra, a intenção de Kabila era a de expulsar as tropas ruandesas e ugandesas, a revolta dos reacionários anti-Kabila com as promessas não cumpridas de democratização iriam explodir com a Segunda Guerra do Congo, que iniciou em 2 de Agosto de 1998 e que foi a origem do genocídio congolês. Kabila alienou seus aliados e não conseguiu resolver os problemas que levaram à guerra, em última análise, permitindo a Segunda Guerra do Congo a partir de 1998, poucos meses depois de chegar ao poder. Na verdade, alguns especialistas preferem ver os dois conflitos como uma guerra .