No Mali, a rebelião começou em 1990, quando tropas do governo atacaram Gao, a repressão militar foi sangrenta. Uma das reivindicações mencionadas era a incapacidade dos soldados tuaregues terem acesso a posições mais altas no exército. O conflito diminuiu após Alpha Oumar Konaré formar um novo governo e fazer reparações em 1992. Além disso, o Mali criou uma nova região autônoma, a região de Kidal, e uma maior integração da sociedade tuaregue do Mali.

Em 1994, uma força de tuaregues treinados e armados pela Líbia atacaram Gao o que levou a terríveis represálias do exército contra esta etnia, reativando a guerra civil; o governo como parte de seu esforço de guerra cria a milícia songhai Ghanda Koi. A guerra finalmente terminou em 1996, quando foram queimadas simbolicamente 3000 armas em Tombuctu pondo fim ao conflito.