Em 22 de março, o Presidente Amadou Toumani Touré foi derrubado em um golpe de Estado devido a forma com que lidava com a crise, um mês antes de uma eleição presidencial que deveria ter ocorrido. Os militares revoltosos, sob a bandeira do Comitê Nacional para a Restauração da Democracia e do Estado, (CNRDR) suspenderam a Constituição do Mali, embora este movimento fosse revertido em 1 de abril.

O grupo islâmico Ansar Dine, também, começou a luta contra o governo em fases posteriores do conflito, alegando controle de vastas áreas do território, embora contestado pelo MNLA. Como consequência da instabilidade após o golpe de Estado, as três maiores cidades do Norte do Mali - Kidal, Gao e Timbuktu - foram invadidas pelos rebeldes, em três dias consecutivos. Em 5 de abril, após a captura de Douentza, o MNLA afirmou que havia conseguido os seus objetivos e cancelou sua ofensiva. No dia seguinte,  proclamaram a independência de Azawad do Mali.