A redução de São Miguel inseriu-se no vasto programa evangelizador dos jesuítas, que estendeu seus braços para o oriente e para o ocidente, deixando uma forte marca em muitos países do mundo, perceptível até hoje. Fundada num tempo em que o território era domínio espanhol, esta redução foi o mais notável dos Sete Povos, que se tornaram parte importante da história do Rio Grande do Sul e do Brasil e fonte de ricas tradições. Construída a partir de 1687 segundo uma planta de organização avançada para seu local e época, ali surgiu uma civilização florescente, economicamente próspera e prolífica em expressões culturais e artísticas, onde se mesclavam elementos europeus e indígenas, sempre, contudo, com a forte orientação europeia e cristã. Mas assim que atingiu seu apogeu, com a ereção da sua igreja, entre 1735 e 1750, iniciou seu ocaso. Envolvida nas disputas políticas e territoriais entre Portugal e Espanha e nas controvérsias que cercaram a atividade jesuíta, foi um dos centros da Guerra Guaranítica e acabou incendiada e despovoada em 1756. Restaurada e repovoada parcialmente, sobreviveu uns anos mais sob uma nova administração, depois que os jesuítas foram expulsos e sua Ordem, suprimida, mas já estava em decadência. No início do século XIX foi saqueada e seus últimos habitantes, dispersos, tornando sua ruína inexorável, caindo em completo abandono.

A recuperação das estruturas começou em 1925, e desde então o sítio tem sido crescentemente valorizado, passando por várias intervenções de restauro e sendo objeto de vários projetos para o fomento do seu legado material e imaterial. Sua igreja se tornou uma das imagens mais conhecidas no Rio Grande do Sul e o complexo, um forte polo turístico, constituindo-se ainda como o centro vital da cidade onde se localiza, a qual formou-se em sua função e está-lhe intimamente vinculada em múltiplos níveis. Comunidades indígenas guarani da redondeza têm o local como sagrado e como parte de sua memória e identidade coletiva.