Santo Amaro do Maranhão limita-se ao Norte com o Oceano Atlântico; a Leste com o município de Barreirinhas; a Oeste com o município de Primeira Cruz e ao Sul com o município de Barreirinhas. Santo Amaro do Maranhão é um importante polo turístico, nos Lençóis Maranhenses. Sua estrutura de serviços é composta por pousadas, restaurantes, farmácias, agencias de receptivo e prestadores de serviços credenciados (veículos 4x4) junto ao ICMBio e a Secretaria Municipal de Turismo para operar no Parque. Possui também Agencia dos Correios/Banco do Brasil, Bradesco e CAIXA Aqui. É banhada pelo Rio Alegre, e o Lago de Santo Amaro. O acesso é através da BR 135, depois pela MA 402 e por fim por uma estrada de terra de 36 km.