Os seus principais centros de culto no Antigo Egito eram dois: Fayum e Kom Ombo. Fayum, antes Shedjet, ficou até conhecida como Crocodilopolis ("cidade do crocodilo", em grego, junto a Medinet el-Fayum), junto ao lago com o mesmo nome a Oeste do Nilo, numa região onde aqueles répteis eram extremamente abundantes no Egito faraónico. Como o eram em Kom Ombo e em todo o Alto Egito, surgindo vários santuários dedicados ao culto de Sobek. Além daqueles dois centros principais, recordemos também Esna, Gebelein e Gebel elSilsila. Nestes templos existia anexamente, muitas vezes, um tanque com crocodilos sagrados, além de mumificações dos mesmos, como ainda hoje se pode ver em Kom Ombo, por exemplo.

Sobek estava ligado ao culto do rio Nilo, da divinização da água, tendo por isso clero e rituais próprios. O seu culto foi particularmente ativo e predominante nas XII e XIII dinastias, na transição do Império Médio para o Segundo Período Intermédio, por volta dos séculos XVIII e XVII a. C., com vários faraós com onomástica dedicada ao deus, como Sobek-hotep III e IV (XIII dinastia, c. 1795-c. 1650 a. C.) ou Sobek-neferu. Sobek-hotep significa, curiosamente, em antigo egípcio, "Sobek está satisfeito" ou Sobek-Neferu, "É belo Sobek".