Atualmente, é administrado pela concessionária Ecovias, e há um pedágio em cada uma das entradas do Sistema. Assim, por quaisquer das duas rodovias, o usuário paga as mesmas tarifas de pedágio (com exceção dos pedágios de bloqueio da Imigrantes), tem direito aos mesmos serviços de apoio e acessos intercalados à rodovia congruente.

A circulação de veículos pesados, como caminhões, ônibus e outros, pelo trecho de serra da pista descendente Rodovia dos Imigrantes é proibida indeterminadamente, obrigando assim tais veículos acessarem a Via Anchieta logo após o final do trecho de planalto, no km 41, segundo informa uma Portaria da ARTESP Número 11 de 6 de Dezembro de 2002.