Durante seu período como arcebispo, foi responsável por estabelecer as primeiras estruturas doutrinais e litúrgicas da reformada Igreja da Inglaterra. Durante o reinado de Henrique, Cranmer não fez muitas mudanças radicais na igreja por causa das disputas de poder entre os conservadores e reformistas religiosos. Entretanto, ele conseguiu publicar o primeiro vernáculo autorizado, a Exortação e Ladainha.

Quando Eduardo chegou ao trono, Cranmer conseguiu promover grandes reformas. Ele escreveu e compilou as duas primeiras edições do Livro de Oração Comum, uma liturgia completa para a Igreja Anglicana. Com a ajuda de vários reformistas continentais que deu refúgio, ele desenvolveu novos padrões doutrinais em áreas como a eucaristia, celibato clerical, o papel das imagens em locais de culto e a veneração dos santos. Cranmer promulgou novas doutrinas através do Livro de Oração, das homílias e outras publicações.