Não se trata de uma depravação sexual. O objetivo do tratamento endócrino, psicológico e cirúrgico está em levar o individuo a se sentir mais confortável com sua identidade de gênero, aumentar seu bem-estar psicológico e atingir auto-realização. Frequentemente o tratamento inclui hormônios e cirurgia de redesignação sexual.

Para alguns autores, sobretudo no campo das ciências humanas, a vivência de um gênero (social, cultural) discordante com o que se esperaria de alguém de um determinado sexo (biológico) não é compreendida como uma patologia ou como um transtorno, mas sim como uma questão de identidade. Por isso, mais adequado seria falar em transgeneridade.