Apesar de ter mantido o cargo de compositor, Mitsuda trabalhou como engenheiro de som por dois anos. Em 1994, após ameaçar sua saída ao vice-presidente da Square, Hironobu Sakaguchi, ele recebeu a posição de compositor da trilha sonora de Chrono Trigger. Com o sucesso do jogo e clamor à sua trilha sonora, ele passou a compor para vários outros jogos da Square, incluindo Xenogears. Em 1998, Mitsuda deixou a Square e passou a trabalhar como freelancer, fundando seu próprio estúdio de produção em 2001 chamado Procyon Studio, bem como seu próprio selo de gravação, Sleigh Bells. A empresa expandiu para seis funcionários, e Mitsuda continua a compor para videogames, séries de anime, e também para seus próprios álbuns independentes.