Yoeri Museveni é filho de Amos Kaguta e Esteri Kokundeka, uma família de pequenos criadores de gado; o pai pertence ao clã Basiita e a mãe ao ramo Beene Rukaari, do aristocrático clã Bashambo. O seu sobrenome vem de Abasuveni, que eram os soldados ugandeses no “Sétimo Regimento dos Artilheiros Africanos do Rei”. O jovem Museveni fez a escola primária em Kyamate, a secundária em Mbarara e depois estudou ciências políticas e concluiu um bacharelato em economia na Universidade de Dar es Salaam, graduando-se em 1970.

Museveni participou na formação da “Frente de Salvação Nacional”, que foi um dos grupos rebeldes que, apoiados pela Tanzânia, afastaram Idi Amin do poder. A sua carreira política começa nesta fase, servindo como ministro nos governos que se seguiram mas, em 1980 ele declara que as eleições tinham sido manchadas por fraude e, em 6 de Fevereiro de 1981, lança-se numa guerra de guerrilha com base nos pântanos do centro do Uganda, liderando o Exército de Resistência Nacional (NRA) que, em Janeiro de 1986, capturou Kampala e colocou Museveni como presidente.