Evolução molecular refere-se a vários processos evolutivos resultantes de alterações no DNA, RNA, e/ou Proteína. A evolução no Ácido nucleico ocorre por processos mutacionais, os quais, por sua vez, provocam alterações nos aminoácidos codificados. Aminoácidos alterados resultam numa subsequente alteração na forma e funcionamento das proteínas. A Evolução também pode ocorrer no nível do genoma, através principalmente de processos de duplicação de genes e transferência horizontal de genes. Quando um ou todos esses processos resultarem em mudanças significativas durante a história das espécies, ocorrerá um processo evolutivo que gerará diferenças entre a espécie e seu ancestral, fato que representa a base para a evolução dos organismos. Todas essas informações sobre genes e proteínas serão então utilizadas pela Filogenética molecular para estabelecer uma Árvore Filogenética concernente à evolução do grupo em estudo.