Filogenética computacional é a aplicação de
algoritmos computacionais, métodos e programas para a
análise filogenética. O objetivo é montar uma
árvore filogenética representando uma hipótese sobre a ancestralidade evolutiva de um conjunto de
genes,
espécies ou outras
taxa. Por exemplo, estas técnicas têm sido usadas para explorar a árvore genealógica da família das espécies de
hominídeos e as relações entre genes específicos compartilhados por muitos tipos de organismos. A filogenética tradicional baseia-se nos dados
morfológicos obtidos pela medição e quantificação das propriedades
fenotípicas de organismos representativos, enquanto o campo mais recente da
filogenia molecular usa seqüências de
nucleotídeos codificando genes ou seqüências de
aminoácidos codificando
proteínas como base para a classificação. Muitas formas de filogenia molecular estão intimamente relacionadas e fazem uso extensivo do
alinhamento de seqüências na construção e refino de árvores filogenéticas, que são utilizadas para classificar as relações evolutivas entre
genes homólogos representados nos
genomas de espécies divergentes. As árvores filogenéticas construídas por métodos computacionais não são susceptíveis de reproduzir perfeitamente as
árvores evolutivas que representam as relações históricas entre as espécies que estão sendo analisadas. A árvore histórica das espécies também podem ser diferentes da árvore histórica de um gene homólogo individual compartilhado por essas espécies.
Produzir uma árvore filogenética requer uma medida de
homologia entre as características compartilhadas pelos taxa sendo comparada. Em estudos morfológicos, isto requer decisões explícitas sobre quais características físicas se deve medir e como usá-las para codificar estados distintos correspondente à taxa fornecida. Em estudos moleculares, um problema principal consiste na produção de um
Alinhamento múltiplo de sequências entre os genes ou seqüências de aminoácidos de interesse. Métodos de alinhamento progressivo de seqüências de produzem uma árvore filogenética por necessidade, porque eles incorporam novas seqüências no alinhamento calculado na ordem da
distância genética.