O Rio Jordão marca o trecho norte da fronteira, desde o Mar da Galileia, tríplice fronteira dos dois países com a Síria até o Mar Morto, já na divisa entre a Cisjordânia e a Jordânia. Essa localização da tríplice fronteira é a visão Síria. Efetivamente, essa fronteira está cerca de 10 km mais a leste, fora do Mar da Galileia, em função da ocupação por Israel das Colinas de Golã desde a Guerra dos Seis Dias em 1967. A fronteira trecho norte separa:

• O distrito norte de Israel das províncias Irbid, Al Balga e Madaba da Jordânia.
• A Cisjordânia, hoje dominada por Israel, das províncias Al Karak e Al Tafilah da Jordânia.

Ao sul do Mar Morto a fronteira separa o Deserto do Neguev (Distrito Sul de Israel) do Governorato da Ácaba, Jordânia, indo terminar no litoral, no porto de Ácaba, Golfo de Ácaba, Mar vermelho.