O método apropriado de execução consistia num corte (kiru) horizontal na zona do abdómen, abaixo do umbigo (hara), efectuado com um tanto, wakizashi ou um simples punhal, partindo do lado esquerdo e cortando-o até ao lado direito, deixando assim as vísceras expostas como forma de mostrar pureza de carácter. Finalmente, se as forças assim o permitissem, era realizado outro corte puxando a lâmina para cima, prolongando o primeiro corte ou iniciando um novo ao meio desse. Terminado o corte, o realizava a sua principal função no ritual, a decapitação.

Tratando-se de um processo extremamente lento e doloroso de suicídio, o seppuku foi utilizado como método de demonstrar a coragem, o auto-controle e a forte determinação característicos de um samurai. Como parte do código de honra do bushido, o seppuku era uma prática comum entre os samurais que consideravam a sua vida como uma entrega à honra de morrer gloriosamente, rejeitando cair nas mãos dos seus inimigos, ou como forma de pena de morte frente à desonra por um crime, delito ou por outro motivo que os ignominiasse. Outras razões estavam por detrás destes corajosos actos, como a violação da lei ou o chamado , no qual o após perder o seu seria compelido à prática do seppuku, exceptuando-se casos em que o seu senhor por escrito impedia tal costume.